علی مطهری  در خصوص منتظری این گونه گفت:«چند سال پیش در روزهای آخر حصر آیت الله منتظری با دریافت مجوز به دیدن ایشان رفتم. اولین جمله ای که به من گفت این بود: علی! دیدی با من چه کردند؟! دلم فرو ریخت. گفتم اگر شهید مطهری بود این طور نمی شد. سخن مرا تایید کرد و یک ساعت و نیم با من درد دل کرد. از وضع خودش در آن سال‌ها و از خاطراتش با شهید مطهری گفت. از جمله مسئله رابطه شهید مطهری با آیت الله بروجردی و کدورتی را که میان آنها پدید آمده بود خوب ودقیق توضیح داد و جزئیات حوادث در خاطرش بود.»

!!!!علی مطهری  بعد از فتنه های سال گذشته موضع میرحسین موسوی را در حوزه اثباتی تایید کرد(!) و گفت: «موسوی در اثبات خوب آمد، اما در نفی خوب عمل نکرد موسوی می‌توانست به عنوان یک منتقد در صحنه سیاسی کشور باقی بماند و در فضای سیاسی موثر باشد؛ اما او نتوانست فضا را کنترل کند؛ در حالی‌که باید هدفش را مشخص می‌کرد.»

!!!!علی مطهری بعد از اظهارات  آیت‌الله جنتی که از اعطای یک میلیارد دلار از سوی آمریکایی‌ها به برخی از افراد در داخل کشور برای منقرض کردن نظام خبر داده بود، خواستار ارائه مدارک و مستندات دبیرشورای نگهبان به دستگاه قضایی و به کمیسیون اصل نود مجلس شد. و گفت:«اگر مستندی برای این ادعا وجود نداشته باشد، مصداق بارز افترا خواهد بود،البته اگر این مسأله شاکی خصوصی داشته باشد، سریع‌تر پیگیری خواهد شد. اما شاکیان خصوصی یا جرات نمی‌کنند و یا صلاح نمی‌دانند که وارد شوند زیرا اتهامات دیگری نیز متوجه آنهاست. به همین دلیل در چنین شرایطی که آرامش روانی جامعه در اثر یک خبر به مخاطره می‎افتد، دستگاه قضایی می‌تواند به عنوان مدعی‌العموم وارد عرصه شده و موضوع را بررسی کند.»

!!!!علی مطهری بعد ماجرای سید حسن خمینی و در حالی که رهبر انقلاب بارها بحث صفین را پیش کشیده بودند، طی یادداشتی نوشت: «آقایانی که اصرار بر شبیه‌سازی حوادث امروز با حوادث صدر اسلام دارند آیا صحیح می‌دانند که آنها و دار‌و دسته‌شان را به سپاه عمر سعد و ابن زیاد تشبیه کنیم که در روز عاشورا با ایجاد سر و صدا اجازه نمی‌دادند نوه پیغمبر سخن بگوید؟ در روزی که باید از وحدت سخن رانده می‌شد، پروژه تفرقه اجرا شد و این به صلاح کشور نبود.»

!!!!علی مطهری در ماجرای سالگرد رحلت امام اینگونه گفت:«حادثه ممانعت از سخنرانی حجت الاسلام سید حسن خمینی در مجلس سالگرد رحلت امام خمینی (ره) یک حادثه تلخ و مخالف آرمانهای انقلاب اسلامی از جمله آزادی بیان بود و البته یک حادثه از پیش طراحی شده بود که شخص رئیس جمهور در آن نقش اساسی داشت و می توان گفت از سنخ مناظره انتخاباتی ایشان بود که زمینه فتنه را فراهم کرد.نوع سخنان رئیس جمهور محترم که به جای وحدت، تفرقه انگیز بود، اصرار بر طولانی کردن سخنان خود تا وقتی برای سیدحسن باقی نماند و نیز جمله آخر ایشان که "اکنون به سخنان رهبر انقلاب گوش فرا می‏دهیم" دلیل بر این مدعا است»
!!!!علی مطهری در ماجرای اظهارات مهدی کروبی و تجاوز به زندانیان سیاسی  خواستار برخورد غیرسیاسی با ادعای آزار جنسی افراد بازداشت شده در جریان حوادث پس از انتخابات شد و گفت:«بهتر بود این مسائل به طور غیرعلنی مطرح و پیگیری می شد، ولی اکنون که در مطبوعات و سایر رسانه ها مطرح شده است باید به طور دقیق و کامل بررسی شود و خاطیان احتمالی معرفی و مجازات شوند. نباید با این مساله برخورد سیاسی کنیم و مثلاً افراد وابسته به حکومت تصمیم بگیرند آن را تکذیب کنند، به خیال اینکه اگر این موارد اثبات شود موجب وهن و تضعیف نظام جمهوری اسلامی خواهد شد. باید دید واقعیت ماجرا چه بوده و آن را به اطلاع مردم رساند، آنگاه خاطیان احتمالی به مردم معرفی و مجازات شوند.»

!!!!علی مطهری  بعد ماجرای یک شنبه سیاه مجلس به جای ابراز تأسف از مصوبه جنجالی به منتقدان می تازد و از کوچک زاده با عنوان "کوچک‏اف" یاد می کند. مطهری گفت:«آقای حسینیان در صحبت‌های خود گفتند به این طرح رای بدهید تا مشکلات اصولگرایان حل شود اما باید گفت اصولگرایان هیچ مشکلی جز شما و امثال شما و آقای کوچک زاده ندارند.» سخنان علی مطهری در آن روز با عباراتی چون خفه شو و بتمرگ و... همراه شد تا مطهری را مجبور به عذرخواهی مکتوب کند. (+) فایل صوتی فحاشی

!!!!علی مطهری همان کسی است که سال ها پیش به هاشمی و خانواده او حمله می کرد و می گفت:«ورود و دخالت اقوام رییس‌جمهور(هاشمی) در تمام شئون سیاسی و اقتصادی واقعا درست نبود. اینکه اینها بیایند در اکثر مراکز حساس اقتصادی مسلط شوند، این چه دلیل موجهی دارد؟ مثلا در وزارت نفت آنجایی که باید معاملات مهم انجام شود حتما باید از نزدیکان ایشان باشد.تا یک حدی این استدلال قابل قبول است. مثلا اینکه پسرشان رییس دفترشان باشد؛ ولی حالا حتما باید "کیش" هم "دست اینها" باشد، وزارت نفت هم "زیر نفوذ اینها" باشد، فلان کارخانه خودروسازی هم "مال اینها" باشد و انحصار صادرات فلان محصول "در اختیارشان" باشد؟ اینها هم توجیه امنیتی دارد؟ اینها را که دیگر نمی‌شود براساس مصالح ملی توجیه کرد.خب، وقتی یک خانواده‌ای اینقدر دست‌شان در امور اقتصادی و قدرت سیاسی باز باشد، کم‌کم جسارت پیدا می‌کنند و متعرض امور مقدس هم می‌شوند. مثلا دختر ایشان به چه مجوزی باید آزاد باشد که احکام اسلام را به راحتی زیر سوال ببرد؟ خب این خانم در آن روزنامه‌ای که داشت خیلی راحت نوشت چرا باید دیه مرد دو برابر زن باشد یا چرا حکم اثر چنین و چنان است؟ اصلا باب حمله به مقدسات از آن موقع باز شد و اینها فسادهایی بود که از آن وقت جان گرفت و در جامعه گسترش پیدا کرد»اما علی مطهری امروز هاشمی رفسنجانی را چهره ای مظلوم می داند و از کنار نامه تند و تیز هاشمی در روزهای قبل انتخابات به سادگی می گذرد.

!!!!علی مطهری در مورد اظهارات رییس جمهور در مورد حجاب و عفاف گفت:« اگر دولت طرح فعلی درباره عفاف و حجاب را قبول ندارد طرح خودشان را بیاورند اینکه بگویند ما این‌را قبول نداریم و هیچ جایگزینی هم نداشته باشند پذیرفتنی نیست.البته من آقای رئیس‌جمهور را در این مسائل تحت تأثیر آقای مشایی می‌دانم چرا که ایشان روی افکار رئیس‌جمهور بسیار تأثیرگذار است.
مردم ما برای انرژی هسته‌ای یا پرتاب ماهواره به فضا انقلاب نکردند اگر رژیم شاه هم بود بالاخره به کمک آمریکا و غرب ما به این فن‌آوری‌ها می‌رسیدیم منتها به کمک آنها اما روح و جان انقلاب ما همین مسائل فرهنگی است.»

آقای علی مطهری فتنه سال گذشته دو طرف داشت مخافان ولایت فقیه و فدائیان ولایت فقیه؛ حال شما می فرمائید کدام را محاکمه کنیم؟! راستی شما در کدام طرفید؟چند بار ذکر کردید بی‌طرفید. جنگ حق و باطل که بی‌طرف ندارد؛ دارد؟